MiModD

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MiModD

 

MiModD ist eine von uns entwickelte Software zur Identifikation und Annotation von Mutationen in den Genomen von Modellorganismen anhand von genom-weiten Sequenzdaten. MiModD wurde speziell für Biologen/Genetiker mit begrenztem bioinformatischen Hintergrund konzipiert um diesen die Analyse von WGS-Daten auf Standard PCs zu ermöglichen.

The software supports:

  • – short-reads alignment aus diversen Dateiformaten (fastq und gzipped fastq, SAM, BAM)
  • – Dateiformat-Konversion und Annotation mit Metadaten der Sequenzierung
  • – variant calling (SNPs and indels)
  • – variant post-processing, including filtering and annotation
  • – deletion calling (currently only for paired-end data)
  • – mapping-by-sequencing analyses and variant linkage plots similar to and compatible with CloudMap on your local computer.
  • – NEU: replot old CloudMap data on our public NacreousMap server to get ~20x smaller and faster loading pdfs than those produced by CloudMap

MiModD is free and open-source (released under GPLv3) and runs under Linux and Mac OS X (10.9 through 10.11) with minimal software requirements.

As a standalone package it can be used from the command line, but can also be integrated seamlessly and easily into any local installation of a Galaxy bioinformatics server providing a graphical user interface, database management of results and simple composition of analysis steps into workflows.

Detailed information on installation, usage and hardware requirements can be found in the user guide. If you have questions that are not answered there, we will be happy to assist you.

Der Sourcecode (inkl. der Beispieldatensätze)  steht auf den Seiten des MiModD Projekts bei sourceforge zum Herunterladen bereit.

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